Mujica procedía de una familia modesta, con raíces españolas, vascas e italianas. Después de que Uruguay regresó a la democracia en 1985, entró en la política oficial.

Apoyó la legislación que permite a las mujeres interrumpir sus embarazos dentro de las primeras 12 semanas y se convirtió en el primer país en legalizar y regular totalmente la producción y venta de cannabis.

Desde la edad de trece años, y hasta los diecisiete, practicó ciclismo, corriendo en representación de varios clubes y en todas las categorías